El conflicto llegó a su punto más alto de violencia el 8 de mayo del 2008. Aquella fecha se produjo una violación de la autonomÃa universitaria, pues la policÃa ingresó a la ciudad universitaria. Casi un millar de estudiantes fueron reprimidos con gases e incluso con golpes en el interior de la universidad.
El objetivo era impedirles que marchen al Congreso de la República, con el argumento de que no contaba con el permiso de la Prefectura de Lima, donde iban a solicitar que se "reformulen" las obras del bypass en el cruce de las avenidas Venezuela y Universitaria.
En un primer momento la marcha fue pacÃfica, pero se tornó muy violenta tras la arremetida de las fuerzas del orden, ya que alrededor de 80 efectivos ingresaron a la universidad que tenÃa parte del cerco perimétrico demolido y procedieron a detener estudiantes. El intercambio de piedras y gases lacrimógenos se inició al promediar las 11.30 am y duró aproximadamente una hora y media. Este se produjo en la puerta 3 de la referida casa de estudios y causó daños en negocios y viviendas.
El ingreso de la policÃa a la universidad causó daños en su infraestructura. Se notaban vidrios destrozados en las facultades de IngenierÃa Indutrial, BiologÃa, Ciencias Contables y Derecho.
Asimismo, un grupo de alumnos quemó un "rochabús". Durante el intercambio de proyectiles se observó a estudiantes con capuchas y hondas. Según declaraciones de los mismos sanmarquinos, hubo personas que se infiltraron con la finalidad de causar destrozos y pánico.
Este enfrentamiento dejó un saldo de 24 estudiantes detenidos, 17 heridos y una decena de policÃas contusos. Los universitarios heridos fueron trasladados a la misma clÃnica universitaria y los policÃas contusos al hospital de la PNP. Dos de los estudiantes, heridos de gravedad, fueron trasladados al Hospital Daniel Alcides Carrión. Ambos tenÃan traumatismo encefalocraneano. El resto presentaba fracturas y contusiones. Uno de los estudiantes, incluso, fue impactado por una bomba lacrimógena en la mandÃbula.
Por su parte, el general PNP Javier Uribe, jefe de la Sétima Dirección Territorial de la PolicÃa, señaló que entre los policÃas heridos estaban el jefe de la División Territorial Nº 2, Coronel PNP VÃctor Ordinola, quien recibió una pedrada en la parte posterior de la oreja. También sostuvieron que desde el 2 de mayo ya tenÃan reportes sobre la posibilidad de una toma de la San Marcos para el 5 mayo.