El 4 de septiembre, en una entrevista para Andina noticia, el rector Orestes Cachay declaró que la universidad estaba dispuesta a ceder 9 500 m2 del campo sanmarquino para culminar las obras viales, que llevaban 11 años paralizadas, y que las obras serÃan una salida hacia la futura estación de la lÃnea 2 del tren eléctrico en la av. Germán Amezaga, la habilitación de tres carriles adicionales en la av. Universitaria y dos pistas auxiliares para facilitar el flujo de vehÃculos en la av. Venezuela. Además, el rector aceptó que era su iniciativa.
DÃas anteriores a los enfrentamientos con la policÃa y la toma de la ciudad universitaria, los estudiantes se reunieron en asambleas dirigidas por la junta transitoria de la Federación Universitaria de San Marcos. En ellas se informaba y debatÃa sobre las medidas que se tomarÃan como respuesta a la nueva propuesta vial que el rector Orestes Cachay venÃa conversando con la Municipalidad de Lima.
La primera manifestación se dio a la altura de la puerta n°2 de la universidad, en la cual se bloqueó la av. Universitaria con piedras y se quemaron llantas, generando opiniones divididas entre los estudiantes. El 11 de septiembre los estudiantes realizaron otra protesta, esta vez los hechos se dieron principalmente en la av. Venezuela, a la altura de la puerta n°1, en un inicio los estudiantes arengaban, cantaban y también bailaban al ritmo de sicuris, pero pasado las horas los ánimos se caldearon y terminó en un enfrentamiento entre policÃas y estudiantes. Con bombas lacrimógenas, perdigones, cuetes y piedras, comenzaba el momento más tenso del conflicto.
Las bombas lacrimógenas alcanzaros a estudiantes, profesores y demás personas que se encontraban en las facultades, principalmente la Facultad de Letras y Ciencias Humanas, y tuvieron que evacua, estos hechos se viralizaron a través de fotos y videos en las redes sociales, además fueron noticia en medios periodÃsticos.
Un dÃa después, los enfrentamientos se agudizaron, tal es asà que la DefensorÃa del Pueblo comenzó a realizar visitas a la universidad incitando al diálogo. Se avizoraba que la toma de la ciudad universitaria era inminente, sin embargo, al darse la suspensión de actividades por el examen de admisión, esta posibilidad se aplazó.